Dans le cadre d’une convention biennale, le Festival de Besançon bénéficie d’aides importantes de l’État et des collectivités locales. Il compte également sur l’aide d’une dizaine d’entreprises mécènes et d’une trentaine de partenaires, aide indispensable à son rayonnement et son développement.

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Le Festival de musique de Besançon Franche-Comté est membre de France Festivals (Fédération française des festivals internationaux de musique), de la Fédération mondiale des concours internationaux de musique et du Syndicat national des scènes publiques.